Педагогиката като научна дисциплина се появява през XIX век, когато започва усилен процес на диференциране на научните знания. Като всяка друга наука и тя има свой строго определен предмет. Това е възпитанието и обучението на подрастващото поколение.

Предметът на православната християнска педагогика е възпитанието и обучението на учениците в православните духовни училища. Както всяка друга наука и православната християнска педагогика се разглежда от две страни: като изкуство и като наука. Като изкуство, тя е педагогическа практика. Като наука, тя е педагогическа теория, т.е. научна система на същите правила и норми.

Разбирана като теория, православната християнска педагогика се представя като наука за възпитанието и обучението на децата в духовните училища на Православната църква.

Структурно православната християнска педагогика се оформя в три основни части:

1. Теория на възпитанието.

2. Теория на обучението (дидактика).

3. Методика на обучението.

Теорията на възпитанието разглежда следните въпроси: въведение в науката; същност, цел и задачи на възпитанието въобще и по-конкретно в духовните училища; фактори на възпитанието. Свещеното Писание, Свещеното Предание, богослужението, Православната църковна аскетика, проповедта, обстановката в пансиона и училището, ученическата среда, учебният процес, личността на духовния възпитаник, личността на учителя, личността на ръководителя на училището, администрацията, общата организация на живота в училището, животът в християнското семейство, животът общо в Църквата, животът в обществото (държавата; принципи на възпитанието; методи и средства на възпитание, възпитание на характера, възпитание на съзнателна дисциплина, религиозно, нравствено, естетическо възпитание; трудово възпитание; физическо възпитание; възпитание на класно и общоучилищно православно християнско братство.

Теорията на обучението (дидактиката) разглежда следните въпроси: основни положения - същност на обучението въобще; ръководната роля на учителя при обучението; същност, цел и задачи на обучението в духовните училища; принципи на обучението; съдържание на обучението; урокът като основна форма на обучение; методични форми на преподаване; методични форми на прилагане и затвърдяване на преподадения .материал; методични форми на прилагане, проверка и оценка на придобитите знания; и т.н.

Третата част, методика на обучението по богословие, е методическо ръководство за преподаване на: Свещено Писание и Стария и Новия Завет, догматика, етика, апологетика, църковно пастирско богословие, Литургика, омилетика, православна християнска педагогика, църковна история (обща, българска и на съвременни православни църкви), библейска археология, църковна археология, християнско изкуство, психология, логика, християнска философия, стари езици - гръцки, латински, еврейски, църковно-славянски и т.н.